Pondok Pesantren Al-Istiqomah merupakan Pesantren Salaf atau Pondok Pesantren Salafiyah yang merupakan sebutan bagi pondok pesantren yang mengkaji “kitab-kitab kuning” (kitab kuno). Pesantren salaf identik dengan pesantren tradisional (klasik) yang berbeda dengan pesantren modern dalam hal metode pengajaran dan infrastrukturnya. Di pesantren salaf, hubungan antara Kyai dengan santri cukup dekat secara emosional. Kyai terjun langsung dalam menangani para santrinya.

Seiring berkembangan zaman, pesantren Al-Istiqomah beradaptasi dan mengkombinasikan sistem pembelajaran modern. Dalam klasifikasi tipe pesantren dilingkungan Kemenag, disebut sebagai Pesantren Kombinasi meskipun demikian masih menyelenggarakan Pesantren Salaf.

Pendidikan Non formal yang diselenggarakan Pondok Pesantren Al-Istiqomah adalah Pendidikan Kesetaraan Tingkat Wustha dan Ulya di bawah Kementerian Agama, sedangkan Pendidikan Formal menyelenggarakan MTs Al-Istiqomah dan SMK Bhakti Kencana Subah kelas Asrama.